Lietuvoje pagal Vaikų profilaktinių skiepijimų kalendoriuje nustatytus terminus vaikai gydymo įstaigose yra nemokamai skiepijami nuo šių užkrečiamųjų ligų: tuberkuliozės, hepatito B, kokliušo, difterijos, stabligės, B tipo Haemophilus influenza infekcijos, poliomielito, tymų, epideminio parotito, raudonukės, pneumokokinės infekcijos, žmogaus papilomos viruso, rotaviruso, B tipo meningokoko. Už šiuos skiepus iš Privalomojo sveikatos draudimo fondo lėšų sumoka ligonių kasos.
Prieš kiekvieną vaiko skiepijimą tėvai arba globėjai turi būti informuojami apie vakcinų skyrimo tvarką, galimas nepageidaujamas reakcijas į skiepą, o dėl informacijos gavimo bei sutikimo skiepyti būtina pasirašyti vaiko sveikatos raidos istorijoje.
Neskiepijama tik labai retais atvejais, pavyzdžiui, dėl sunkių ligų ar nusilpusios imuninės sistemos. Tačiau apie tai tėvus ar globėjus turi informuoti gydytojas. Jei vaikas laiku nepaskiepijamas, jam sudaromas individualus skiepijimų kalendorius pagal indikacijas, nurodytas vaistinių preparatų charakteristikų santraukose.
Prireikus (įkandus bet kokiam gyvūnui) vaikas gali būti nemokamai skiepijamas ir nuo pasiutligės (skiriama vakcina ir imunoglobulinas nuo pasiutligės).
